6500万年前，一颗小行星与地球擦肩而过，称霸这个世界的恐龙懵懵懂懂地逃过了灭顶之灾。之后又过了数百万年，恐龙的智力得到进化，它们学会种植、畜牧、建筑，并且拥有属于自己的语言和家庭。某座山脚下的平原地带，雷龙一家迎来三个性格各异的娃娃，最小的阿洛（雷蒙德·奥乔亚RaymondOchoa配音）孱弱胆怯，与父亲的生离死别更在他的心中投下难以磨灭的阴影。一连串的事件过后，他与妈妈、哥哥、姐姐相隔万里。阿洛将这一切都归罪于原始人类的小孩点点（杰克·布赖特JackBright配音）。而点点似乎不为所动，他主动亲近阿洛，仿佛是一条忠诚勇敢的小狗。在充满坎坷和危险的回家之路上，阿洛与点点结伴而行，而这两个本不该碰面的恐龙和人类，将缔结超越了种族和时空的纯真友情……

在另一个历史中，6500万年前导致恐龙灭绝的小行星安全地掠过地球。

数百万年后，迷惑龙玉米种植者亨利和艾达生下了三个孩子：利比、巴克和阿洛。虽然他成功的兄弟姐妹被允许“留下自己的印记”（在家里的玉米筒仓上留下泥印），但阿洛胆怯的天性让他的任务变得困难。亨利试图让阿洛负责看守他们的筒仓，让他有一种使命感，并帮助他设置了一个陷阱。它捕获了一个野性的 穴居男孩，但阿洛无法杀死他，并释放了他。亨利失望地带着阿洛追踪穴居人进入峡谷。亨利随后从山洪暴发中救出了阿洛，但随后被碎片杀死。

没有了父亲，阿洛承担了更多的工作量。他在筒仓内发现了同一个穴居男孩。阿洛将父亲的死归咎于穴居男孩，并追赶他进入河中，两人都被冲到下游数英里处。阿洛被一块岩石击昏，醒来后发现自己身处荒野深处。当他试图返回时，他的腿被一块巨石卡住了。第二天，阿洛醒来发现他的腿已经自由了。穴居男孩带着食物出现，并带领阿洛来到一棵浆果树前。然后，这个穴居男孩击退了一条大蛇，令人惊奇的阿洛，并给附近的怪异戟龙福雷斯特·伍德布什留下了深刻的印象谁想留下这个男孩。他强迫阿洛与他竞争给男孩起一个他会回应的名字，当阿洛称男孩为“斑点”时，阿洛获胜。阿洛和斯波特关系密切，阿洛哀叹失去的家人，斯波特透露他自己的父母都已去世。

后来，当暴风雨袭来时，阿洛因恐惧而逃跑，失去了他一直跟踪回家的河岸。第二天早上，阿洛醒来发现斯波就在他身边。一群翼手龙注意到了他们，这些翼手龙似乎正在进行救援行动，但结果却是野蛮的肉食性。当翼手龙试图吃掉斑点时，阿洛和斑点逃跑了。他们遇到了名叫纳什的霸王龙和他的妹妹拉姆齐，他们都赶走了翼手龙。纳什、拉姆齐和他们的父亲布奇失去了他们的长角牛群，因此阿洛请斯波帮忙嗅出它们的踪迹。该小组找到了牛群，但布奇认出了偷牛者的所作所为。阿洛和斯波引诱四只盗贼迅猛龙暴露在外，让布奇和他的家人可以发动攻击。赶走窃贼后，阿洛与暴龙一起将牛群赶向南方。随后，他在远处看到了家乡熟悉的山峰，带着斑点启程返回家乡。

一路上，他们在远处遇到了一个成年野性穴居人。斯波很感兴趣，但阿洛劝阻了他，他们继续前行。当另一场风暴临近时，翼手龙回来攻击并带走了斑点。阿洛被一只翼手龙推下悬崖，被藤蔓缠住，一块石头击中他的头部，阿洛被打昏。阿洛幻想着父亲释放他并带他回家。阿洛决定拯救斯波特，让亨利为他的儿子感到自豪，然后才消失。这一幻象让阿洛重新获得了力量，他从藤蔓中挣脱出来，发现并攻击了将斯波特逼入河中的翼手龙。阿洛和斯波特一起将翼手龙投入水中，它们无助地被冲向下游。当发生山体滑坡时激起巨浪，阿洛跳入水中营救斯波特，两人被卷向瀑布。当他们穿越瀑布时，阿洛保护了斯波，并将他带到了岸边。

当他们靠近阿洛的家时，穴居人及其全家人走近两人，他们对斯波特表现出了极大的兴趣。阿洛极不情愿地催促斯波加入这个新的收养家庭，两人含泪告别。阿洛终于回到了他母亲和兄弟姐妹的家，并在他父母的筒仓上留下了自己的印记。